故事发生在一个虚拟的奇幻世界之中。在这里，相对应的两人将手牵在一起，所产生的心灵连结“宁录”能够成为拥有着强大力量的武器。在传说中，这个世界上存在着掌控着一切的神，只要将神打败，就能够实现内心最强烈的愿望。长久以来，握手者们都将打败神作为目标，不断地战斗着，而一切因果的汇聚点就在大阪。 高槻手纲（齐藤壮马 配音）是对机械十分着迷的男子高中生，一次偶然中，他在研究室里邂逅了昏睡中的少女芥川小代理（诸星堇 配音）。手纲牵住了小代理的手，想不到小代理竟然从昏睡中醒来，两人成为了搭档。
时间为战国时代，世上所具有的各种魑魅魍魉、异形妖怪等非人灵力生物总称为”暗“。喜欢人类的暗——妖狐玉，以及厌恶人类的仙道——迅火，成立了名为“救世姐弟”的组合进行著扫荡罪恶的救世活动，途中遇上了武士兵头真介。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们为了消灭对人类作恶的暗“障怪”的以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢。
2013年，因为修学旅行而来到台湾的女高中生小椋汐，遭到了突然出现的怪兽“进化侵略体”的袭击。在军队完全没用的时候，谜之男子们出现在面前，他们是超国家机关“DOGOO”的代理人，继承了“伟人之魂”，并将这股力量用之战斗的“E遗传子持有者”。终于，在友人面临危机之际，小椋汐身上的“伟人之魂”也觉醒了...
故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。 梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
表面上看来，索尼娅（田村睦心 配音）是一个扎着双马尾的金发美少女高中生，但实际上，她有着一个秘密的身份——杀手。作为一名杀手，索尼娅有着异常敏锐的神经，任何突然靠近她的生物，都会受到她的强力攻击。少女折部安奈（赤崎千夏 配音）自称是索尼娅的朋友，但似乎没有得到索尼娅的认可。因为其大大咧咧的天然呆个性，安奈经常成为索尼娅本能攻击的受害者。 在无意间，安奈发现，虽然索尼娅是个令人闻风丧胆的杀手，但她在昆虫和妖怪方面却有着意外小的胆量，这也成为了拉近二人关系的重要契机。同时，索尼娅的杀手同事吴织亚切（高部爱 配音），毫无存在感的不知名少女（钉宫理惠 配音）也来到了安奈的身边，杀手和少女们热闹的日常生活展开了。
平衡的九重天崩陷为九大天锥降临世界各地，无数人类被吸入其中。九重天的守护神被邪恶力量侵蚀控制，肆虐地球。为解救危机，神兽战队艰难与之抗争，得到希望元神的认可，获得力量，勇闯九重天，经历奇幻冒险和重重考验，凭借坚强意志和内心正义，打破黑暗军团的阴谋，最终修复九重天，拯救了人类和地球。
星球在战之后的百年，白鸽岛一场简单的庆典。却引来了外星人争夺神秘石像的战争。毫无心理准备的白鸽岛顿时陷于惊慌失措之中。在现阶段的外星人统治下，原本相互为敌的几方人被迫在白鸽岛一起居住。外星人打着寻找自己各族隐匿在人类中的头叛徙的旗号，挑动人类相互怀疑残杀。而自己扮演一个救世主，从面而使人类在精神上屈服。在武力的胁迫下，无知的人们把自己的邻居——“外星人的叛徙”推上了断头台。少年天望，承受着同的屈辱，忍辱负重独闯阴阳之界去收集对付外星人的第七种元素，途中历尽生死磨难，灵魂与肉体倍受煎。在他的带领下，少年们与邪恶展开了殊死搏斗，以宝贵的生命，满腔的热血重塑了人类的尊严。
故事聚焦惹人爱的废柴风筝人，他和新女友金色滑翔者兼职充当罪犯，以支持他们愚蠢的购买项目——哥谭最乌烟瘴气的廉价酒吧Noonan’s。在Lex Luthor的“末日军团”阴影下开一家酒吧，让风筝人和金色滑翔者的关系进入到了下一个阶段。没有人说过在阿卡姆疯人院之外为最危险的恶棍们提供啤酒会很容易，但有时候你会想去一个人人都知道你名字、人人都知道如何藏尸的地方。
